W Podwodne Miasta, w którą gra się około 30-45 minut na gracza, gracze reprezentują najpotężniejsze mózgi na świecie, mózgi nominowane ze względu na przeludnienie Ziemi, aby stworzyć najlepsze i najbardziej nadające się do zamieszkania obszary podwodne.

Główną zasadą gry jest umieszczanie kart. Trzy kolorowe karty umieszczane są wzdłuż krawędzi głównej planszy w 3 x 5 slotach, które również są kolorowe. Najlepiej, aby gracze umieszczali karty w slotach tego samego koloru. Następnie mogą podejmować zarówno akcje, jak i korzyści: akcję przedstawioną w slocie na głównej planszy, a także korzyść z karty. Akcje i korzyści mogą pozwolić graczom na pobieranie surowców; na budowę i ulepszanie kopuł miejskich, tuneli i budynków produkcyjnych, takich jak farmy, urządzenia do odsalania i laboratoria w ich osobistym podwodnym obszarze; na przesuwanie znacznika na torze inicjatywy (co jest ważne dla kolejności graczy w następnej turze); na aktywowanie „kart A” gracza; i na zbieranie kart, zarówno specjalnych, jak i podstawowych, które pozwalają na lepsze możliwości podejmowania decyzji podczas rozgrywki.

Wszystkie z prawie 220 kart — czy to specjalnych, czy podstawowych — podzielono na pięć typów w zależności od sposobu i czasu użycia. Podwodne obszary mają być dwustronne, dając graczom wiele możliwości zdobycia VP i ostatecznego zwycięstwa.