Szogun to gra, w której wcielamy się w role dowódców wojsk XVI wiecznej Japonii, a naszym celem jest zapewnienie dominacji własnym rodom. Aby osiągnąć sukces trzeba nie tylko podporządkować sobie jak najwięcej ziem, ale również zadbać o rozwój (wznosząc zamki, świątynie i teatry) i dobre prosperowanie kontrolowanych prowincji (zapewniając zapasy żywności). Najlepszy Daimyo zdobędzie na końcu gry miano tytułowego Szoguna.
Rozgrywka podzielona jest na dwie części (dwa lata w feudalnej Japonii), każda podzielona na trzy tury (wiosna, lato i jesień. Zimą następuje podliczenie punktów i rozpatrzenie buntów ludności, w przypadku gdy nie zadbamy o dostateczne zapasy żywności).

Każda tura rozpoczyna się od fazy planowania, w której gracze wydają rozkazy wojskom stacjonującym w poszczególnych prowincjach. Robi się to poprzez położenie zakrytej karty prowincji na polu symbolizującym rozkaz. Dzięki temu nasi rywale do ostatniej chwili nie znają naszych planów.

Niezwykle szybki i oryginalny (i nie tak losowy, jak się na pierwszy rzut oka wydaje) jest mechanizm rozstrzygania bitew. Stosuje się w tym celu wieżę bitewną, do której wrzucamy drewniane kostki obydwu walczących armii. Wynik bitwy uzależniony jest od tego, które kostki i w jakiej ilości wypadną z wieży na plastikową tackę.

Mechanika zawiera także uproszczony mechanizm licytacji, dzięki któremu możemy poświęcić część funduszy, jeżeli zależy nam na pierwszeństwie w danej turze, bądź chcemy skorzystać z jednego z dostępnych przywilejów.